Dépister ou diagnostiquer une infection virale

Les prélèvements

→ Le lavage bronchoalvéolaire

Le lavage bronchioloalvéolaire (LBA) est le prélèvement de choix. Cet examen peu agressif est réalisé au cours d’une fibroscopie bronchique. Le LBA est couramment utilisé pour le diagnostic des maladies pulmonaires. Techniquement, deux ou trois instillations de 100 ml de sérum physiologique sont appliquées dans un territoire alvéolaire. Le liquide de LBA est recueilli et analysé entre chaque lavage.

→ Le prélèvement nasal

L’écouvillonnage nasal permet la recherche de virus respiratoires tels que celui de la grippe, le VRS, les rhinovirus, les para-influenza, les adénovirus, etc. Il s’adresse plutôt à l’adulte ou au grand enfant. Techniquement, l’écouvillon est délicatement introduit dans la narine parallèlement au plancher nasal jusqu’au nasopharynx en grattant les parois nasales par rotation. La tête du patient est placée en hyperextension pour faciliter le prélèvement (voir la figure ci-contre).

→ Les autres prélèvements

Trois autres types de prélèvements sont possibles :

- le prélèvement trachéal chez un patient intubé ;

- le prélèvement sanguin pour les virus virémiques ;

- le prélèvement dans des fragments issus d’une biopsie.

Détection directe des antigènes viraux

→ Fiabilité

La fiabilité des tests sérologiques repose sur :

- la capacité du test à fournir un résultat positif uniquement pour la maladie recherchée, et éviter ainsi les faux positifs (spécificité du test) ;

- la probabilité que le test soit positif si la maladie est présente, donc sa capacité à éviter les faux négatifs (sensibilité du test).

La fiabilité des différentes techniques visant à mettre en évidence les anticorps dépend des virus recherchés.

→ Les tests par immunofluorescence détectent les antigènes viraux dans les cellules infectées. Des anticorps monoclonaux sont disponibles pour rechercher par exemple les virus influenza A et B, les virus para-influenza, le VRS, les adénovirus, etc. En revanche, les rhinovirus et les entérovirus ne peuvent être mis en évidence en raison d’un nombre élevé de sérotypes.

→ Les tests immunoenzymatiques, notamment par la technique Elisa (enzyme-linked immunosorbent assay), reposent sur le même principe que l’immuno fluorescence. Ils se pratiquent sur les mêmes types de prélèvements, avec des niveaux de sensibilité et de spécificité comparables. Ils existent, par exemple, pour le virus influenza ou le VRS.

Détection du génome viral par PCR

→ Méthode de référence

La polymerase chain reaction (PCR), ou réaction de polymérisation en chaîne en français, est la méthode de référence pour la détection d’agents pathogènes difficilement cultivables. C’est particulièrement le cas des virus dont la culture peut prendre plusieurs semaines. La PCR, ou le diagnostic virologique moléculaire, a ainsi remplacé le sérodiagnostic pour de nombreuses indications comme la varicelle, le zona ou la grippe. Les méthodes de PCR dites “en temps réel” sont encore plus rapides.

→ Avantages et limites

Cette technique offre de nombreux avantages pour peu d’inconvénients :

- la PCR présente une meilleure sensibilité que les méthodes traditionnelles si le prélèvement est correctement effectué, et elle est capable de détecter quelques virus par unité de volume testée ;

- la PCR montre aussi une meilleure spécificité, elle peut par exemple identifier un virus, un genre ou un sous-groupe viral ;

- elle permet de développer rapidement des tests visant un agent pathogène particulier, comme lors de la pandémie de grippe A/H1N1 en 2009 ou de l’épidémie au coronavirus du Mers en 2012 ;

- la PCR multiplex peut cibler plusieurs virus, avec toutefois une sensibilité moindre ;

- elle n’est toutefois utile qu’en phase aiguë ;

- ses performances varient selon la nature et la qualité du prélèvement.

→ PCR en temps réel

La méthode de PCR en temps réel permet de mesurer la quantité de génomes viraux fabriqués au début de la réaction de polymérisation en chaîne. En combinant deux étapes de la PCR, l’amplification et la détection de l’amplificat, cette méthode diminue la durée de l’analyse et fournit un résultat en 24 heures versus plusieurs jours avec la PCR “classique”.

LES DIAGNOSTICS SÉROLOGIQUES INDIRECTS

La culture virale

« La culture virale permettrait de répondre à la question des virus infectants, mais la technique est longue, coûteuse, difficile, voire dangereuse pour des virus à l’origine des Sars. Elle n’est plus utilisée que dans les laboratoires de recherche spécialisés », remarque le Dr Lydia Pouga. Cette technique peut être mise en œuvre en seconde intention, sur des échantillons négatifs aux tests diagnostiques rapides.

→ Avantages :

- avec la meilleure sensibilité, l’isolement en culture a longtemps été considéré comme la méthode de référence ;

- la technique est plus performante que la détection antigénique directe.

→ Limites :

- technique délicate et exigeante ;

- certaines cellules sont plus adaptées que d’autres à l’isolement viral ;

- des indications limitées ;

- un délai long, qui va de 5 à 21 jours, inadapté à une exploitation rapide des résultats ;

- de possibles faux négatifs, selon les facteurs liés au prélèvement.

Les tests diagnostiques rapides

Les tests de diagnostic rapide (TDR) donnent le plus souvent un résultat en 10 à 15 minutes. Ils peuvent être utilisés à l’endroit même où le patient est pris en charge. Ces dernières années, de nouveaux TDR ont régulièrement fait leur apparition dans divers domaines de la médecine, particulièrement pour le diagnostic des maladies infectieuses.

→ Avantages et limites :

- pouvoir traiter de suite une maladie rapidement mortelle ;

- administrer un traitement spécifique plutôt que probabiliste ;

- prendre des mesures rapides pour prévenir la transmission, par exemple du VIH ou de l’hépatite B ;

- éviter un traitement antibiotique inutile en cas d’infection virale ;

- éviter les examens et les investigations complémentaires ;

- une sensibilité variable, parfois faible, par rapport à la PCR.

→ Technique

Les TDR sont le plus souvent des tests immunochromatographiques. Ils se composent d’une cassette et d’une bandelette réactive sur laquelle est déposé l’échantillon à tester (sang, urine, salive, frottis nasopharyngé, etc.). Les bandelettes comportent une zone de réaction, généralement une membrane de nitrocellulose. Les TDR détectent des antigènes et/ou des anticorps. Si l’antigène ou l’anticorps recherché est présent, il se fixe sur les anticorps ou antigènes correspondants de la bandelette et une bande de couleur apparaît.

→ Principales sources d’erreurs

- En cas de prélèvement sanguin, une quantité insuffisante peut induire un faux négatif, par exemple si l’échantillon est déposé en partie à côté de la bande, malgré la pipette calibrée fournie avec le test. Une quantité excessive de sang peut également gêner la lecture de l’affichage du résultat.

- En cas de prélèvement nasopharyngé, la qualité du frottis constitue la principale source d’erreur.

- Dans tous les cas, l’interprétation du résultat se révèle quelquefois délicate, notamment avec les tests qui comportent plusieurs bandes ou lorsque les agents pathogènes sont en très faible quantité.

Remarque : toute bande, même légèrement marquée, est néanmoins considérée comme un résultat positif.